ガンダムブレイカー３はミッションモードにストーリーが追加されました。
ストーリー進行で解放されるシステムなどについてまとめます。
表内「1－4クリア」であればCHAPTER（チャプター）１のMISSION（ミッション）4をクリア後という意味になります。
| パーツ合成 | 1-4クリア |
| 覚醒アクション | 1-6クリア |
| ビルダーズパーツ | 1-6クリア |
| ホットスポット | 2-1クリア |
| SD僚機（騎士ガンダム） | 2-1クリア |
| SD僚機追加（フルアーマー騎士ガンダム、武者頑駄無、コマンドガンダム、武者號斗丸） | 3-1クリア |
| SDモジュール2スロット目 | 3-1クリア |
| 覚醒に追加効果 | 5-1クリア |
| MGパーツ入手（難易度エクストリーム解放） | ２週目以降 |
| 難易度ニュータイプ追加 | エクストリーム全クリア |
エクストリームはステージ１から進めていく必要があります。
MGはサイズが違うというだけで性能はMGと変わりません。大きい分、敵を巻き込みやすいなどの差については考えられますが断定できるだけの情報がまだないのが現状です。
MGにもHGを合成する事が出来ます。（ベースはMGのまま）
MGではパーツ固有のEX-ACTIONを習得できない、という情報があります。（未確認）バグ？武器カテゴリ毎のEX-ACTIONは習得できる事が確認できています。
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